O Conselho de Liderança, na Unidade Mananciais, faz parte do projeto de Educação Personalizada e tem como objetivo ter alunas engajadas com a gestão e a própria turma. A ideia é que as participantes do Conselho de Liderança se sintam protagonistas dentro da trajetória escolar. No Ensino Fundamental 2, o Conselho de Liderança existe há cinco anos. No Ensino Fundamental 1, começou com o 5º ano há dois anos e este ano iniciou no 2º, 3º e 4º ano, como um projeto preparatório para a liderança. No 2º, 3º e 4º ano, as participantes do Conselho de Liderança já podem ser anfitriãs, receber visitas e crescer em amizade com a turma, pois devem abrir-se às demais. Os Conselhos de Liderança do Ensino Fundamental 1 e do Ensino Fundamental 2 atuam separadamente.

O processo tem início com uma palestra sobre liderança que a professora encarregada de classe dá para a turma, destacando que liderar não é mandar e quais seriam os encargos de um bom líder. Cada aluna faz uma autoavaliação sobre seu próprio perfil de liderança e as que desejarem podem candidatar-se aos cargos de Conselheiro Sênior, Conselheiro Júnior e Secretária, que são os cargos que fazem parte do Conselho de Liderança. Cada aluna candidata vai fazer uma proposta de campanha, contando por que deveria ser eleita. Os votos da classe são secretos e a eleição tem validade de um trimestre, para dar oportunidade para outras exercerem a liderança.

As participantes do Conselho de Liderança fazem uma reunião mensal com a gestão da Unidade Mananciais. Os temas tratados são os mais diversos, por exemplo, se o Conselho de Liderança vê sua classe vivendo a virtude proposta pelo projeto Leader 100 daquele mês, a participação das alunas na Festa Junina, arrecadação de fundos para as formaturas do 9º ano e do terceirão, a qualidade da alimentação servida pelo Colégio, o nível de limpeza dos ambientes etc.

O colégio aposta no Conselho de Liderança como oportunidade de exercer o protagonismo, resolver as próprias questões, fomentar a criatividade, trazer ideias novas, crescer em amizade e que, no futuro, possam atuar como líderes na sociedade.